Impliqué dans le logiciel libre depuis 1998. Auteur de nombreuses conférences et d'articles depuis 2001 sur les formats de données (ou les formats de fichiers), leur importance, leur rôle et les dangers possibles des formats fermés par rapport aux formats ouverts.

Depuis 1998, il est fortement impliqué dans le domaine des logiciels libres, au travers essentiellement de l'AFUL, l'association francophone des utilisateurs de Linux et de logiciels libres, dont il a été le président de 2004 jusqu'au 29 janvier 2011. Il est désormais Vice-président de l'AFUL.

Blog formats-ouverts de Thierry Stœhr sur les formats ouverts.